新西伯利亚国立大学与世界各国的领先大学积极展开合作。仅去年一年，就有近900名外国学生和研究生就读于新西伯利亚国立大学同德国、法国、中国等地著名大学合作实施的29个项目。
双硕士文凭项目向学生提供在本校与合作伙伴大学受训的机会，从而使学生能够在满足国家标准的前提下同时获得两个文凭。这将使学生在不同的教育系统中获得独特的学习经验、流利的外语能力以及在未来职业生涯开始时的竞争优势。所有新西伯利亚国立大学的学生，无论其国籍如何，均可申请并被选拔到任何项目。本校同上海合作组织大学一起，向本科生提供管理和信息技术等两个硕士研究生项目，教学采用1+1方式，在合作伙伴大学学习一年，在新西伯利亚国立大学又学习一年。
同德国维斯马大学合作实施的双文凭项目“国际和俄罗斯商法”也颇受学生青睐。该项目学生在第三学期的时候赴德国合作伙伴大学。毕业生深入了解俄罗斯和欧洲经济法，教学以俄语和英语进行。同维斯马大学的这一项目学费约为2700美元/年。
同时，在过去的15年中，新西伯利亚国立大学同法国大学展开了大量的联合项目，合作伙伴大学包括：巴黎高科矿业学院、巴黎综合理工学院、巴黎高等物理化工学院、里昂中央高等学院以及法国其他领先大学。
“法式”项目有其优势：一些项目是免费的。例如，新西伯利亚国立大学力学与数学系同巴黎综合理工学院的项目就是这样一个免交学费的项目。从第二学期到第四学期，学生根据工程方面的教学纲领在法国进修。在此期间，也可能会获得法国政府奖学金、埃菲尔卓越奖学金或伊拉斯谟+奖学金。
新西伯利亚国立大学同中国黑龙江大学一起根据化学、生物学、物理学、数学、法学等方向的项目培养硕士。在学习初期，学生从俄语和俄罗斯文化浸入式课程开始。这些项目的学生还可以从中国政府或黑龙江省政府获得奖学金，以抵消基本生活费。
在同黑龙江大学的合作框架内，还有许多以2+1+1形式展开的本科项目：在头两年，学生在哈尔滨学习，然后在新西伯利亚完成学业。与硕士项目一样，教学仅以俄语进行。
新西伯利亚国立大学每年为外国公民提供的项目学费如下：本科4500美元，硕士研究生5200美元。通常，在合作伙伴大学学习的时间不需要单独付费。此外，学生还有机会申请每月最高1300欧元的奖学金，法国大学的一些项目以及在德国接受的培训除外。
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